Il museo fu inaugurato come Museo Etrusco nel 1870 ed è uno dei più antichi musei archeologici d’Italia. Inizialmente, la sede era presso il Cenacolo di Fuligno e ospitava una collezione di reperti etruschi, greci e romani che provenivano dallo smembramento delle collezioni medicee e lorenesi prima conservate agli Uffizi. In quella stessa sede, nel 1855, era stato allestito anche il Museo Egizio. Gli spazi del cenacolo ben presto risultarono inadeguati per ospitare le collezioni e nel 1880 il museo venne trasferito nell’attuale sede del Palazzo della Crocetta.
Il Museo Archeologico Nazionale di Firenze oggi comprende la Sezione Etrusca, la Sezione Romana, la Sezione Greca, la Sezione Egizia, detta anche Museo Egizio (è la seconda collezione in Italia dopo quella di Torino), la Sezione Numismatica ed altre.
Tra i reperti etruschi di maggiore importanza, la Chimera, una statua votiva in bronzo ritrovata ad Arezzo nel 1533, che rappresenta un animale parte leone, parte capra e parte serpente. Tra le opere principali ivi conservate, si trovano anche le statue dell’Arringatore e di Minerva, le urne di terracotta e travertino di Volterra e i vasi di ceramica greca con figure nere.