Il Museo delle Cappelle Medicee è situato nella Basilica di San Lorenzo, un tempo parrocchia dei Medici e luogo di sepoltura dei membri della famiglia a partire dal Quattrocento. Le cappelle sono divise in quattro parti distinte: la Sagrestia Nuova, la Cappella dei Principi, la Cripta e la Cripta Lorenese.
La Sagrestia Nuova, disegnata e concepita nel suo arredo scultoreo da Michelangelo Buonarroti nel 1519 e completata in circa un decennio, conserva le tombe di Giuliano e Lorenzo de’ Medici. La Cappella dei Principi, dove sono sepolti i granduchi di Toscana e i loro familiari, è un monumentale mausoleo rivestito di marmi e pietre semi-preziose, costruito dall’architetto Matteo Nigetti tra il 1604-1640 su disegno di Don Giovanni de’ Medici. La Cripta, ideata dal Buontalenti, conserva le tombe dei granduchi e dei loro familiari. La Cripta Lorenese accoglie inoltre le spoglie della famiglia dei Lorena, il monumento funebre a Cosimo il vecchio Pater Patriae. Il museo conserva inoltre una parte del prezioso Tesoro della Basilica di San Lorenzo, costituito da parati sacri e magnifici reliquiari.